剧集说明搬自度娘，本人很懒
1下方“分集剧情”列表中，“”标注表示加长版特别篇参考下文“加长版特别篇”部分，“”表示动画原创即漫画原作中没有的，“b”表示出现黑衣组织，“f”表示出现fbi，“”表示出现i，“s”表示出现工藤新一，“”表示出现服部平次，“k”表示出现怪盗基德。注意不要将标注与动画名称相混淆关于主线剧情的情况，请参考下文“主线剧情简介”部分。
1996年1~42
1云霄飞车杀人事件bs
2董事长千金绑架事件
3偶像密室杀人事件
4大都会暗号地图事件
5新干线大爆破事件
6情人节杀人事件
7每月一件礼物恐吓事件
8美术馆杀人事件
9天下第一夜祭杀人事件
10足球选手恐吓事件
1111~12钢琴奏鸣曲月光杀人事件
1213步美被绑架事件
1314奇怪的寻亲杀人事件
1415谜样的讯息狙击事件
1516消失的尸体杀人事件
1617古董收藏家杀人事件
1718百货公司挟持事件
1819六月新娘杀人事件
1920电梯杀人事件
2021鬼屋杀人事件
2122电视台外景队杀人事件
2223豪华客轮连续杀人事件前篇
2324豪华客轮连续杀人事件后篇
2425丧失记忆的美女事件
2526真假人质绑票事件
2627爱犬约翰杀人事件
2728小五郎同学会杀人事件前篇
2829小五郎同学会杀人事件后篇
2930计算机杀人事件
3031不在场证明杀人事件
3132电视台杀人事件
3233咖啡厅杀人事件
3334侦探团生还事件
3435山庄绷带怪人杀人事件前篇
3536山庄绷带怪人杀人事件后篇
3637星期一晚上7:30杀人事件
3738仙人掌花杀人事件
3839赤鬼村火祭杀人事件
3940企业家千金杀人事件前篇
4041企业家千金杀人事件后篇
4142优胜锦旗被割事件
4243卡拉k厅杀人事件
1997年43~85
4344江户川柯南诱拐事件
4445堀田三兄弟杀人事件
4546敷面膜杀人事件
4647雪山山庄杀人事件
4748健身俱乐部杀人事件
4849外交官杀人事件前篇
4950外交官杀人事件后篇s
5051图书馆杀人事件
5152高尔夫练习场杀人事件
5253~54雾天狗传说杀人事件
5355神秘凶器杀人事件
5456电玩公司杀人事件b
5557列车手法杀人事件
5658清洁车杀人事件
5759福尔摩斯迷杀人事件前篇
5860福尔摩斯迷杀人事件后篇
5961首次购物杀人事件
6062插画画家杀人事件
6163幽灵船杀人事件前篇
6264幽灵船杀人事件后篇
6365大怪兽哥梅拉杀人事件
6466第三个指纹杀人事件
6567螃蟹和鲸鱼绑架事件
6668夜路杀人事件
6769舞台女演员杀人事件
6870暗夜男爵杀人事件事件篇
6971暗夜男爵杀人事件疑惑篇
7072暗夜男爵杀人事件解决篇
7173米花之狼杀人事件
7274三胞胎别墅杀人事件
7375少年侦探队遇难事件
7476死神阵内杀人事件
7577金融公司社长杀人事件
7678~79柯南vs怪盗基德k
7780名门连续惨死事件前篇
7881名门连续惨死事件后篇
7982银行强盗杀人事件
8083流浪画家杀人事件
8184当红歌星绑架事件前篇
8285当红歌星绑架事件后篇
8386综合医院杀人事件
8487滑雪别墅杀人事件前篇
8588滑雪别墅杀人事件后篇
1998年86~128
8689诱拐现场特定事件注：该集根据漫画名侦探柯南特别篇第1卷改编，并非青山刚昌的原作
8790白鹤报恩杀人事件
8891德休拉别墅杀人事件前篇
8992德休拉别墅杀人事件后篇
9093花香杀人事件
9194抢匪住院事件
9295恐怖登山杀人事件前篇
9396恐怖登山杀人事件后篇
9497雪女传说杀人事件
9598小五郎约会杀人事件
9699~102走投无路的名侦探连续两大杀人事件
97103离别美酒杀人事件
98104名陶艺家杀人事件前篇
99105名陶艺家杀人事件后篇
100106初恋情人回忆事件前篇
101107初恋情人回忆事件后篇
102108古装演员杀人事件前篇
103109古装演员杀人事件后篇
104110盗贼集团别墅事件前篇
105111盗贼集团别墅事件后篇
106112新闻照片杀人事件
107113鼹鼠星人之谜事件前篇
108114鼹鼠星人之谜事件后篇
109115侦探团大追击事件
110116烹饪教室杀人事件前篇
111117烹饪教室杀人事件后篇
112118帝丹小学七大离奇事件
113119白色海滩杀人事件注：该集根据漫画名侦探柯南特别篇第1卷改编，并非青山刚昌的原作
114120有氧潜水杀人事件前篇
115121有氧潜水杀人事件后篇
116122推理小说家失踪事件前篇
117123推理小说家失踪事件后篇
118124~125浪花连续杀人事件
119126假面超人杀人事件
120127蜜蜂鸡尾酒杀人事件
121128浴室密室事件前篇
122129浴室密室事件后篇
123130天气预报小姐绑架事件
124131神秘的狙击者杀人事件前篇
125132神秘的狙击者杀人事件后篇
126133旅行剧团杀人事件前篇
127134旅行剧团杀人事件后篇
128135黑衣组织10亿元抢劫事件b注：部分情节来自漫画第2卷，但主体案件为原创
1999年129~173
129136~139来自黑衣组织的女子大学教授杀人事件b
130140竞技场无差别胁迫事件前篇
131141竞技场无差别胁迫事件后篇
132142魔术爱好者杀人事件事件篇k
133143魔术爱好者杀人事件疑惑篇k
134144魔术爱好者杀人事件解决篇k
135145消失的凶器搜索事件
136146蓝色古堡探索事件前篇
137147蓝色古堡探索事件后篇
138148最终播映杀人事件前篇
139149最终播映杀人事件后篇
140150ss步美传达的讯息
141151结婚前夕密室事件前篇
142152结婚前夕密室事件后篇
143153疑惑的天体观测
144154上野出发的北斗星3号前篇
145155上野出发的北斗星3号后篇
146156本厅刑事恋爱物语前篇
147157本厅刑事恋爱物语后篇
148158路上电车紧急刹车事件
149159游乐园高空弹跳事件
150160汽车爆炸事件的真相前篇
151161汽车爆炸事件的真相后篇
152162神秘老人失踪事件
153163园子危险的夏日物语前篇
154164园子危险的夏日物语后篇
155165水中钥匙密室事件
156166本厅刑事恋爱物语2前篇
157167本厅刑事恋爱物语2后篇
158168沉默的环状线
159169诡异的五重塔传说前篇
160170诡异的五重塔传说后篇
161171流经流水亭的杀机
162172~173飞天密室工藤新一最初的事件s
163174月亮、星星与太阳的秘密前篇
164175月亮、星星与太阳的秘密后篇
165176少年侦探队消失事件
166177鸟取县蜘蛛公馆的怪事事件篇
167178鸟取县蜘蛛公馆的怪事疑惑篇
168179鸟取县蜘蛛公馆的怪事解决篇
169180维纳斯之吻
170181黑暗中的死角前篇
171182黑暗中的死角后篇
172183复活的死亡讯息前篇
173184复活的死亡讯息后篇
2000年174~218
174185~188二十年的杀意新佛尼号连续杀人事件
175189惨遭四次杀害的男子
176190与黑衣组织的再会灰原篇b
177191与黑衣组织的再会柯南篇b
178192与黑衣组织的再会解决篇b
179193咖啡厅卡车撞入事件
180194红色杀机的夜想曲前篇
181195红色杀机的夜想曲后篇
182196九道门大搜查
183197危险的食谱
184198~199诅咒假面的冷笑
185200名侦探遇害记前篇
186201名侦探遇害记后篇
187202黑暗中传来的神秘枪响
188203危命的复活洞窟中的侦探团
189204危命的复活负伤的名侦探
190205危命的复活第三种选择
191206危命的复活黑衣骑士s
192207危命的复活新一回来了s
193208危命的复活约定的场所s
194209意味深长的八音盒前篇
195210意味深长的八音盒后篇
196211看不见的凶器小兰的初次推理
197212超级跑车的陷阱前篇
198213超级跑车的陷阱后篇
199214嫌疑犯毛利小五郎前篇
200215嫌疑犯毛利小五郎后篇
201216第十位乘客前篇
202217第十位乘客后篇
203218伊卡洛斯的黑色之翼前篇
204219伊卡洛斯的黑色之翼后篇
205220本厅刑事恋爱物语3前篇
206221本厅刑事恋爱物语3后篇
207222太顺利的推理
208223~224通往迷宫的入口巨大神像的愤怒
209225龙神山坠崖事件
210226五彩传说的水中豪宅前篇
211227五彩传说的水中豪宅后篇
212228蘑菇、熊与侦探队前篇
213229蘑菇、熊与侦探队后篇
214230怀古饭店的神秘事件
215231复仇海滩前篇
216232复仇海滩后篇
217233目暮警官尘封的秘密前篇
218234目暮警官尘封的秘密后篇